秩序之战落幕，阿玛迪斯星光之子米瑞斯在地球参悟大禹治水哲理时，意外坠入虚空裂缝，闯入宝可梦平行次元。　　受进化受阻症束缚的他邂逅超能精灵沙奈朵，合力净化黑化创世神阿尔宙斯，同时察觉灭世魔君潜藏暗处的巨大…